Expoziția permanentă este structurată în ordine cronologică și cuprinde patru secțiuni: istorie veche, medievală, modernă și contemporană.

În primele săli obiecte tridimensionale – basoreliefuri, mulaje după documente epigrafice, monede, lucrări de grafică, transmit informații despre începutul navigației pe aceste în spațiul dintre munți, Dunăre și Mare. Spațiul generos de peste 10.000 mp este organizat în 22 de săli tematice, care cuprind numeroase exponate cu adâncă legătură cu istoria orașului și a marinei.

O importanță deosebită este acordată întemeierii celor trei cetăți vest-pontice, Histria, Tomis și Callatis, interferenței culturii materiale și spirituale a coloniștilor greci cu cea a băștinașilor dobrogeni. În numeroșii ani de conviețuire între autohtonii geto-daci și lumea grecească s-au stabilit raporturi complexe. Probabil că unii dintre numeroșii geți din Dobrogea s-au angajat marinari în echipajele corăbiilor histriene, tomitane sau callatiene.

Cu ajutorul machetelor, al lucrărilor grafice, al fotografiilor și a numeroase obiecte originale, expoziția de bază a muzeului ilustrează intrarea în serviciu a noi nave militare și comerciale, a navei-școală „MIRCEA” (II), prezintă evoluția școlilor marinei, aspecte legate de înființarea Ligii Navale Române. Intrarea României în cel de-al doilea Război Mondial, în anul 1941, a reorientat politica navală a țării către executarea misiunilor impuse de desfășurarea ostilităților.